Este artículo fue publicado hace más de un año, por lo que es importante prestar atención a la vigencia de sus referencias normativas.

Tratamiento de las incapacidades laborales: 10 respuestas clave


Actualizado: 22 mayo, 2017 (hace 7 años)

Frecuentemente se presentan ausentismos dentro de las empresas como consecuencia de las incapacidades laborales. A continuación, se presentan 10 respuestas clave a preguntas sobre el tema, abordadas por nuestro equipo experto en la materia.

Pago de incapacidades por parte de empleador y posterior reembolso ante la EPS

La Dra. Natalia Jaimes indica que lo primero que se debe estudiar es el Decreto 2943 de 2013, el cual establece lo siguiente:

“Artículo  1. Modificar el parágrafo  del artículo 40 del Decreto 1406 de 1999, el cual quedará así:

Parágrafo 1°. En el Sistema General de Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día y de conformidad con la normatividad vigente.

En el Sistema General de Riesgos Laborales las Administradoras de Riesgos Laborales reconocerán las incapacidades temporales desde el día siguiente de ocurrido el accidente de trabajo o la enfermedad diagnosticada como laboral.

Lo anterior tanto en el sector público como en el privado.”

 Adicionalmente y de conformidad con la Ley Antitrámites se aclara que es obligación del empleador pagar inicialmente a su trabajador la incapacidad y posteriormente solicitar el reembolso de la misma.


Pago de incapacidad por accidente en el transporte de la empresa

La Dra. Natalia Jaimes establece que una vez se encuentren afiliados en el sistema de riesgos laborales, los empleados quedan amparados en caso de presentarse un accidente de trabajo.

Por otro lado, para dar respuesta a la pregunta debe estudiarse lo dispuesto en el artículo 3 de Ley 1562 de 2012:

“Artículo 3°. Accidente de trabajo. Es accidente de trabajo todo suceso repentino que sobrevenga por causa o con ocasión del trabajo, y que produzca en el trabajador una lesión orgánica, una perturbación funcional o psiquiátrica, una invalidez o la muerte.

Es también accidente de trabajo aquel que se produce durante la ejecución de órdenes del empleador, o contratante durante la ejecución de una labor bajo su autoridad, aún fuera del lugar y horas de trabajo.

Igualmente se considera accidente de trabajo el que se produzca durante el traslado de los trabajadores o contratistas desde su residencia a los lugares de trabajo o viceversa, cuando el transporte lo suministre el empleador.”


Reconocimiento y pago de remuneración de incapacidad de origen común

La Dra. Natalia Jaimes aclara que las incapacidades hacen referencia a aquellos periodos de tiempo en los que el empleado se toma un tiempo para recuperarse de alguna lesión sufrida.

Ahora bien, las incapacidades de origen común son aquellas que no tienen nada que ver con la actividad laboral. Es importante aclarar que durante el periodo de incapacidad no se recibe un salario sino un auxilio económico, el cual estará inicialmente a cargo del empleador (ya que posteriormente la entidad solicita el reembolso de la incapacidad) para no dilatar el pago.

Un aspecto a tener muy presente es que los dos primeros días estarán a cargo de la empresa, del día 3 al 180 la EPS, del 181 al 360 la administradora del fondo de pensión.


Terminación de contrato en período de incapacidad

La Dra. Natalia Jaimes señala que el empleado en período de incapacidad no se puede despedir porque se encuentra bajo la figura de estabilidad reforzada. Recordemos que dentro de este grupo se encuentran las mujeres embarazadas, mujeres en lactancia, discapacitadas, incapacitadas, entre otros.

En ese sentido, si el empleado se encontraba incapacitado y fue despedido, se le debe pagar una indemnización por un despido ilegal, según lo que establece la Ley 361 de 1997, en su artículo 26, esto es:

“En ningún caso la limitación de una persona, podrá ser motivo para obstaculizar una vinculación laboral, a menos que dicha limitación sea claramente demostrada como incompatible e insuperable en el cargo que se va a desempeñar. Así mismo, ninguna persona limitada podrá ser despedida o su contrato terminado por razón de su limitación, salvo que medie autorización de la oficina de Trabajo”.


Trámite ante la EPS de incapacidades médicas

La Dra. Natalia Jaimes señala que lo primero por definir es quién está adelantando el proceso de reconocimiento de la incapacidad. Ahora bien, según el Decreto Ley 019 de 2012, que corresponde a la Ley antitrámites, se estableció que quien debe tramitar los reembolsos y trámites de incapacidades es el empleador.

Por otro lado, si el empleador realizó el pago al empleado por concepto de incapacidad y la EPS no generó el reembolso, la entidad estará en el de derecho de establecer, valga la redundancia, un derecho petición ante la EPS por parte del empleador, ante lo cual la entidad deberá responder en los tiempos que establece la Ley de acuerdo con la naturaleza del derecho de petición.


Empleado con incapacidad por enfermedad laboral desde hace un año

La Dra. Natalia Jaimes menciona que el procedimiento a seguir por parte de la empresa para este caso es, primero, reconocer al empleado el pago por concepto de incapacidad y segundo, solicitar el reembolso ante la EPS o la ARL, según corresponda, pues son estas en último término las responsables por este tipo de prestaciones económicas. Ahora bien, si la ARL se rehúsa a reembolsar los pagos realizados por el empleador a razón de la incapacidad presentada por su empleado, este perfectamente puede dirigirse ante la justicia laboral ordinaria para que se pueda dirimir el conflicto.


Pago de cesantías en período de incapacidad

La Dra. Natalia Jaimes aclara que cuando una persona está incapacitada no se suspende el contrato de trabajo. El artículo 51 del Código Sustantivo del Trabajo señala las causas para la suspensión del contrato de trabajo, pero no menciona que se deban suspender los aportes al sistema de seguridad social integral.

Cuando una persona está incapacitada no se suspende el contrato de trabajo, por lo cual se deben pagar estos aportes; si no se está cumpliendo con la obligación de consignar las cesantías en el fondo por parte del empleador, el empleado puede exigir su pago y además el pago de intereses por la mora. Las cesantías no se consignan al trabajador sino al fondo al cual esté afiliado, o si lo desea, el empleado puede tramitar retiros parciales o totales para temas de vivienda o estudios.


Quién debe pagar la incapacidad de un trabajador que ha sido incapacitado por 120 días

La Dra. Natalia Jaimes indica que para determinar quién debe pagar las incapacidades laborales, lo primero que se debe establecer es si esta se deriva de una enfermedad de riesgo común o si se trata de una incapacidad por riesgo laboral, ante estas responderá la EPS o la ARL respectivamente. Ahora bien, si por el empleado no se han realizado los respectivos aportes a seguridad social de manera oportuna, en caso de presentarse una incapacidad, quien deberá responder es el empleador.


Continuidad de contrato laboral por otorgamiento de incapacidad

La Dra. Natalia Jaimes indica que, en caso de existir una incapacidad al final el contrato de trabajo, el empleado no podrá ser despedido, pues lo cobija el principio de estabilidad laboral reforzada. En ese sentido se recomienda tener vinculado al empleado a la empresa, porque de no ser así el empleador puede verse afectado por alguna demanda laboral.


De qué forma afecta una incapacidad de 3 días a la liquidación de seguridad social

La Dra. Natalia Jaimes señala que las incapacidades por tres días sí tienen incidencia en el salario devengado, pues sólo se va a recibir remuneración por 27 días de forma completa, ya que según la norma laboral cuando se presenta una incapacidad los dos primeros días los paga la empresa y del tercer día en adelante la EPS, en una proporción del 66 o 67% del salario. Es importante precisar que durante el tiempo en que se encuentra incapacitado al empleado no se le reconoce auxilio de transporte ni aportes a la ARL.

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