En su fallo del 17 de julio de 2025, para el Expediente 28380, el Consejo de Estado anuló las doctrinas de la Dian de los años 2019 y 2022, las cuales establecían que los arrendamientos a IPS mencionados debían estar siempre gravados con IVA.

El Consejo de Estado afirma que en algunos casos estos arriendos sí se pueden cobrar como excluidos.

El pasado 17 de julio de 2025, el Consejo de Estado, en su fallo para el expediente 28380 que se había iniciado en el año 2023, decidió declarar nula una parte del Concepto Dian 1739 de julio 16 de 2019 mediante el cual dicha entidad había concluido que quienes cobran arrendamientos de locales a las EPS e IPS sí tenían que generar el IVA respectivo.

¿Qué decía la Dian sobre el IVA en arriendos a EPS e IPS?

La Dian consideraba que en dichos casos no se podía aplicar la exclusión de la que trata hoy día el numeral 3 del artículo 476 del ET y el artículo 1 del Decreto 841 de 1998, actualmente recopilado en el artículo 1.3.1.13.13 del DUT 1625 de 2016 (normas que se basan también en los artículos 4 y 48 de la Constitución Nacional).

En efecto, dichas normas establecen que los servicios que sean contratados por las EPS, relacionados con la prestación de los planes obligatorios y complementarios en salud, deben facturarse como excluidos del IVA.

Sin embargo, cuando se trataba del arrendamiento de locales tomados por las EPS o IPS, la Dian consideraba que estos sí quedaban gravados con IVA, pues no era un servicio que se pudiera considerar como directamente vinculado con las labores llevadas a cabo por dichas entidades para la prestación de los servicios de salud.

En dicho Concepto 1739 de julio de 2019 (y en otros anteriores como el 873 de julio de 2022), la Dian había expresado lo siguiente:

Para finalizar, se indica que, frente al servicio de arrendamiento para la prestación de servicios de salud por parte de una IPS, este despacho se ha pronunciado previamente con el Oficio 010278 del 02 de mayo de 2019, concluyendo que: “está gravado con el IVA, el arrendamiento comercial contratado por una IPS, ya que no se ajusta a los supuestos que el ordenamiento jurídico vincula directamente a la seguridad social”.

El texto anteriormente mencionado fue declarado nulo por el Consejo de Estado, ya que dicho tribunal considera que los arrendamientos en cuestión sí pueden facturarse como excluidos de IVA. En su fallo, el Consejo de Estado señala lo siguiente:

Criterios para aplicar la exclusión del IVA

A partir de lo expuesto, debe entenderse que, en los casos en que una IPS contrate un servicio de arrendamiento, solo si este se financia con los recursos propios del PBS y el bien se destina a la prestación de los servicios vinculados al sistema de seguridad social, el mismo tendrá la calidad de excluido de IVA, mientras que cuando se utilicen recursos ajenos al PBS y se presten servicios que no tengan relación con el sistema, la operación estará gravada con IVA.

Así, salta a la vista que las conclusiones que al respecto realizan los conceptos demandados no se ajustan a la normativa vigente y a los criterios de la jurisprudencia constitucional y de esta Corporación, cuando afirman categóricamente que el servicio de arriendo contratado por una IPS no puede ser objeto de la exclusión de IVA, sin considerar el origen de los recursos y su destinación.

Nótese que el Concepto 1739 del 16 de julio de 2019, que absolvió una consulta sobre la exclusión prevista en los numerales 2 y 3 del artículo 476 del Estatuto Tributario, en el penúltimo párrafo, indicó en forma tajante que el arrendamiento comercial contratado por una IPS está gravado con IVA, al no cumplir el supuesto de vinculación directa a la seguridad social.

Así mismo, se observa que el Concepto 873 del 07 de julio de 2022, para responder una consulta realizada de manera específica sobre la exclusión de IVA en el servicio de arrendamiento contratado por una IPS, transcribió la doctrina emitida por la autoridad tributaria en la que, por un lado, se concluye que el servicio está gravado dado que es prestado por un tercero a la IPS para que ella ejecute las distintas actividades que tiene a su cargo, no estando directamente vinculado a la seguridad social, y por el otro, solo avala la posibilidad de exclusión para las EPS y ARS.

De manera que, debe anularse toda la respuesta dada en el concepto con fundamento en esa referencia doctrinal de la entidad, en tanto con ello desconoce que existen eventos en que el arrendamiento que realizan las IPS podría estar excluido de IVA.

En efecto, ninguno de los dos pronunciamientos tiene en cuenta que en los inmuebles arrendados se pueden prestar servicios propios del sistema de seguridad social, los cuales, además, pueden financiarse con sus recursos, de tal forma que sus conclusiones no son completamente ciertas, pues dependerá del análisis de cada caso particular determinar si la transacción está o no gravada con IVA.

Si bien es cierto que el arrendamiento a priori no constituye un servicio inherente a la seguridad social, el uso y destinación final sí puede incidir en que se convierta en un mecanismo para ejecutarlos y satisfacer prestaciones propias de los planes de salud, de tal forma que pueda eventualmente gozar o beneficiarse de la exclusión, lo cual no desvirtúa la naturaleza objetiva de esta. Ello, se insiste, dependerá del caso a caso e, incluso, así parece reconocerlo la Dian en la contestación de la demanda cuando afirma que si la institución logra demostrar que este tiene por objeto directo desarrollar prestaciones propias del PBS estaría excluido, lo cual sigue la lógica del artículo 420 del Estatuto Tributario.

Por lo anterior, la Sala declarará la nulidad parcial del Concepto 1739 del 16 de julio de 2019, únicamente respecto del aparte que se refiere a los servicios de arrendamientos contratados por las IPS, y en su totalidad del Concepto 873 del 07 de julio de 2022, en la medida que la consulta resuelta en estos actos estaba dirigida a servicios vinculados y pagados con recursos del SGSS.

(El subrayado es nuestro).

En relación con los fallos del Consejo de Estado, debe recordarse que los mismos sí tienen efectos retroactivos. Por tanto, las doctrinas de la Dian quedaron nulas desde la fecha de su expedición.

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¿Qué pueden hacer los contribuyentes que cobraron o pagaron IVA?

Lo anterior significa que quienes hayan cobrado los arrendamientos a las IPS como excluidos del IVA, pues no estaban de acuerdo con las doctrinas de la Dian, ya podrán estar tranquilos de que dicha entidad no les podrá modificar sus declaraciones de IVA ya presentadas.

Además, quienes ya cobraron, facturaron y pagaron el IVA sobre sus arrendamientos basados en las equivocadas doctrinas de la Dian, podrían hacer notas crédito para devolver a las IPS el valor indebidamente cobrado.

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