CAPÍTULO 2. INCAPACIDADES DE ORIGEN COMÚN

La incapacidad de origen común se refiere al estado o condición de inhabilidad física o mental que le impide a una persona desarrollar su capacidad laboral por un tiempo determinado, originado por una enfermedad general o accidente común que no ha sido calificado como enfermedad de origen laboral o accidente de trabajo (numeral 7 del artículo 2.2.3.1.3 del Decreto 780 de 2016). 

La Corte Constitucional, en la Sentencia T-200 de 2017, en relación con la naturaleza y objetivo del pago de incapacidades, precisó lo siguiente: 

i) el pago de las incapacidades sustituye el salario del trabajador, durante el tiempo que por razones médicas está impedido para desempeñar sus labores, cuando las incapacidades laborales son presumiblemente la única fuente de ingreso con que cuenta el trabajador para garantizarse su mínimo vital y el de su núcleo familiar;
 
ii) el pago de las incapacidades médicas constituye también una garantía del derecho a la salud del trabajador, pues coadyuva a que se recupere satisfactoriamente, sin tener que preocuparse por la reincorporación anticipada a sus actividades laborales, con el fin de obtener recursos para su sostenimiento y el de su familia; y
 
iii) Además, los principios de dignidad humana e igualdad exigen que se brinde un tratamiento especial al trabajador, quien debido a su enfermedad se encuentra en estado de debilidad manifiesta.

(Los subrayados son nuestros).

2.1. Trámite de las incapacidades

El artículo 121 del Decreto 019 de 2012 reza:

El trámite para el reconocimiento de incapacidades por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho reconocimiento.

Para efectos laborales, será obligación de los afiliados informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad o licencia.

(Los subrayados son nuestros).

El documento médico entregado por el trabajador, donde se especifican los días de incapacidad, debe ser presentado al empleador. Este último, al ser el aportante, recibe el auxilio por incapacidad de la EPS o ARL, y lo transfiere al trabajador en las fechas habituales de pago. Cabe aclarar que, durante la incapacidad, el trabajador no percibe un salario, sino un auxilio por incapacidad.

De acuerdo con el CST, en sus artículos 227 y 228, el valor del auxilio por incapacidad equivale a dos tercios (2/3) del salario durante los primeros 90 días, y a la mitad del salario por el tiempo restante si es una incapacidad de origen común. Para los trabajadores con salario variable, se tomará como base el promedio de lo devengado en el último año o en el tiempo laborado, si es menor.

2.2. REQUISITOS PARA EL RECONOCIMIENTO Y PAGO DE INCAPACIDADES DE ORIGEN COMÚN

Para que un afiliado al sistema general de seguridad social en salud –SGSSS– pueda acceder al reconocimiento y pago de la prestación económica derivada de una incapacidad de origen común, deben cumplirse los siguientes requisitos (artículo 2.2.3.3.1 ibidem): 

1. Afiliación activa: el afiliado debe estar vinculado al SGSSS en calidad de cotizante activo. Esto incluye a los pensionados que tengan ingresos adicionales sujetos a cotización.

2. Tiempo mínimo de cotización: el afiliado debe haber cotizado efectivamente al sistema de salud por un mínimo de cuatro (4) semanas, es decir, 28 días, inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad. Este periodo de cotización será verificado con base en la fecha límite de pago del periodo de cotización en el cual se originó la incapacidad.

3. Certificado médico de incapacidad: el certificado de incapacidad debe ser expedido por un médico tratante de la red de la entidad promotora de salud –EPS– o entidad adaptada, o en su defecto, debe ser validado por estas. El certificado deberá contener la información médica necesaria para justificar la incapacidad.

Adicionalmente, no se reconocerán incapacidades de origen común que se originen en la atención de servicios o tecnologías que estén excluidas de la financiación con recursos públicos, conforme a lo establecido en la Ley 1751 de 2015.

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2.3. INGRESO BASE DE COTIZACIÓN

Para el ingreso base de cotización –IBC– relacionado con el reconocimiento y pago de incapacidades de origen común y sus prórrogas, el Decreto 2126 de 2023 que sustituye el Decreto 780 de 2016 establece lo siguiente:

1. IBC para incapacidades de origen común (artículo 2.2.3.3.1 ibidem): 

• • • El IBC utilizado para el reconocimiento y pago de la incapacidad de origen común es el reportado en el mes anterior al inicio de la incapacidad, entendiendo como inicio el día uno (1) de la incapacidad inicial, no el de las prórrogas.
    • En casos de pensionados con ingresos adicionales: si el pensionado tiene ingresos adicionales a su mesada pensional y ha cotizado al sistema de salud, el IBC será el valor sobre el cual efectúa dichas cotizaciones adicionales, sin incluir la mesada pensional ni la sumatoria de ambos ingresos.

2. Determinación del monto de la prestación económica: 

• • • El monto se calcula con base en el IBC reportado para el mes anterior al inicio de la incapacidad.
    • No se reconocen incapacidades de origen común sobre ingresos adicionales si la incapacidad está relacionada con el diagnóstico que dio origen a la pensión de invalidez.

3. Variación en el IBC:

• • • Las variaciones en el IBC que superen el 40 % respecto al promedio de los últimos 12 meses, o de los meses cotizados si es menor a un año, no se considerarán para el cálculo de la prestación económica, en la parte que exceda ese porcentaje (artículo 2.2.3.4.5 ibidem).

4. Correcciones al IBC:

• • • Las correcciones al IBC realizadas posterior a la fecha de inicio de la incapacidad solo darán lugar a la reliquidación de la prestación si están justificadas, como, por ejemplo, un ajuste salarial (artículo 2.2.3.4.6 ibidem).

2.4. CERTIFICADO DE INCAPACIDAD

El certificado de incapacidad de origen común es el documento que debe expedir el médico u odontólogo tratante para constatar la inhabilidad física o mental del afiliado que le impide desarrollar su capacidad laboral. Este certificado es necesario para el reconocimiento y pago de las prestaciones económicas derivadas de una incapacidad de origen común (artículo 2.2.3.3.2 ibidem).

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2.4.1. Contenido del certificado

El certificado de incapacidad de origen común debe incluir la siguiente información mínima:

1. Razón social o nombres y apellidos del prestador de servicios de salud que atendió al afiliado.
2. NIT del prestador de servicios de salud.
3. Código del prestador de servicios de salud asignado en el registro especial de prestadores de servicios de salud –REPS–.
4. Nombre de la entidad promotora de salud –EPS– o entidad adaptada a la cual está afiliado el cotizante.
5. Lugar y fecha de expedición del certificado.
6. Nombre completo del afiliado, tipo y número de su documento de identidad.
7. Código de diagnóstico principal, utilizando la clasificación internacional de enfermedades –CIE– vigente.
8. Código de diagnóstico relacionado, si aplica, también utilizando la CIE vigente.
9. Fecha de inicio y terminación de la incapacidad.
10. Prórroga (si es una prórroga de incapacidad, debe indicarse claramente si corresponde a la misma enfermedad o si tiene relación directa con esta).
11.  Incapacidad retroactiva (solo en casos excepcionales como urgencias o internación).
12. Nombre, tipo y número de identificación, y firma del médico u odontólogo que expide el certificado (artículo 2.2.3.3.2 ibidem).

2.4.2. Expedición del certificado

El certificado de incapacidad de origen común debe ser expedido por el médico u odontólogo tratante debidamente inscrito en el registro especial de talento humano en salud –ReTHUS– o por un profesional que esté prestando su servicio social obligatorio, siempre y cuando se encuentre adscrito a un prestador de servicios de salud habilitado (artículo 2.2.3.3.3 ibidem).

• Incapacidad validada: Si el médico que expide la incapacidad no está adscrito a la red de la EPS o entidad adaptada del cotizante, la incapacidad deberá ser validada por la EPS o entidad adaptada correspondiente, y debe presentarse dentro de los 15 días siguientes a su expedición, junto con el resumen de la historia clínica o epicrisis.

Levantamiento de la incapacidad

El médico tratante puede levantar la incapacidad si, antes de que termine el periodo previsto, el afiliado se recupera de la causa que originó la incapacidad. Para ello, el médico debe expedir una constancia que justifique el levantamiento (artículo 2.2.3.3.2 ibidem).

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2.5. PERÍODO DE LA INCAPACIDAD INICIAL Y PRÓRROGAS 

El período de incapacidad es el lapso durante el cual un afiliado al sistema de salud no puede ejercer su actividad laboral debido a una afectación física o mental, originada por una enfermedad o accidente de origen común. Este período puede ser prorrogado según la evolución del estado de salud del paciente.
El médico tratante u odontólogo, debidamente inscrito en el ReTHUS, es quien determina el período inicial de la incapacidad, basado en la condición médica del paciente. 

Cuando el estado de salud del afiliado lo amerite, el médico tratante podrá expedir una prórroga de la incapacidad, también por un periodo máximo de treinta (30) días calendario. La prórroga debe estar relacionada con la misma enfermedad o lesión que originó la incapacidad inicial, o con otra que tenga una relación directa. Para que la prórroga sea válida, no debe haber transcurrido un periodo superior a treinta (30) días calendario entre la incapacidad inicial y la prórroga. Si pasa más de este tiempo, la nueva incapacidad no será considerada una prórroga, sino una incapacidad diferente.

2.6. RECONOCIMIENTO DE INCAPACIDADES SIMULTÁNEAS

Cuando un afiliado presenta dos o más incapacidades de origen común al mismo tiempo, estas serán tratadas como una sola incapacidad para efectos de su reconocimiento y pago de la prestación económica. El período total de la incapacidad será el comprendido entre el primer día de la primera incapacidad y el último día de la incapacidad que tenga la mayor duración.

Por ejemplo, si un afiliado recibe dos certificados de incapacidad por diferentes afecciones, uno por 10 días y otro por 15 días, la duración total que se reconocerá será de 15 días, tomando como referencia el día de inicio de la primera incapacidad.

En los casos en los que coincidan una incapacidad de origen común y una incapacidad de origen laboral, el afiliado solo recibirá la prestación económica de la incapacidad que le otorgue mayor beneficio. Esto significa que se analizarán ambas incapacidades y se pagará la que represente un mayor monto o ventaja para el afiliado, pero no ambas de manera simultánea (artículo 2.2.3.3.7 ibidem).

Por ejemplo, un afiliado tiene dos incapacidades al mismo tiempo: una de origen común, que dura 20 días, y otra de origen laboral, que dura 10 días. Para efectos del reconocimiento y pago de la prestación económica, se le reconocerá solo una de las incapacidades, que será la que le otorgue mayor beneficio. En este caso, si la incapacidad de origen común le representa un monto mayor, esa será la que se le pagará, mientras que la incapacidad de origen laboral no generará ninguna prestación económica adicional.

2.7. INCAPACIDAD RETROACTIVA

Una incapacidad retroactiva es aquella que se expide con fecha de inicio anterior a la fecha en la que el médico o el odontólogo emitieron el certificado de incapacidad. Este tipo de certificación es aplicable solo en situaciones excepcionales, como cuando el afiliado ha estado hospitalizado o ha enfrentado una urgencia médica, y no puede aplicarse para atenciones ambulatorias regulares (artículo 2.2.3.3.4 ibidem).

La incapacidad retroactiva puede emitirse en los siguientes casos:

1. Urgencia médica: cuando el afiliado requiere atención médica de emergencia, que impide la emisión oportuna del certificado de incapacidad.

2. Internación hospitalaria: si el afiliado está hospitalizado, el médico tratante puede expedir el certificado con una fecha de inicio retroactiva, que abarque todo el tiempo de la hospitalización.

3. Trastornos mentales o de la memoria: en situaciones en las que el afiliado presenta desorientación, confusión mental o algún trastorno psicológico grave que afecte su capacidad para solicitar o recibir el certificado de incapacidad de manera oportuna.

4. Eventos catastróficos o terroristas: si el afiliado resulta afectado por un evento de esta naturaleza, puede solicitar una incapacidad retroactiva.

El período de retroactividad no puede ser mayor a treinta (30) días calendario desde la fecha de expedición del certificado. Esto significa que el médico u odontólogo puede certificar incapacidades que comenzaron hasta 30 días antes de la fecha en que se expide el documento.

Durante el período de internación, el afiliado tiene derecho a que la institución prestadora de servicios de salud expida una constancia de hospitalización, que no genera el reconocimiento de prestaciones económicas, pero que certifica la condición médica del afiliado. Esta constancia debe ser emitida dentro de los dos (2) días calendario siguientes a la solicitud del afiliado o su representante, sin exigir requisitos adicionales.

2.8. INCAPACIDAD DE ORIGEN COMÚN EN PERÍODO DE PROTECCIÓN LABORAL 

Cuando un afiliado se encuentra en el período de protección laboral, no habrá lugar al reconocimiento ni pago de incapacidades de origen común. Esto significa que, si el trabajador está bajo el amparo de este período de protección, que generalmente se refiere a situaciones en las que el contrato de trabajo ha terminado pero el afiliado continúa cotizando al sistema de salud para preservar algunos beneficios de la seguridad social, no tendrá derecho a recibir prestaciones económicas por incapacidad de origen común durante dicho periodo (artículo 2.2.3.3.9 ibidem). 

De acuerdo con el artículo 66 del Decreto 2353 de 2015, durante el período de protección laboral, el afiliado cotizante y su núcleo familiar tendrán derecho a los servicios de salud del plan de beneficios de la siguiente manera: 

• El período de protección laboral será de un (1) mes si el afiliado ha estado inscrito en la misma EPS durante al menos los últimos 12 meses.
• Si el afiliado ha estado inscrito de manera continua durante cinco (5) años o más, el período de protección laboral será de tres (3) meses.
  

2.9. DOCUMENTOS PARA EL TRÁMITE DE RECONOCIMIENTO, LIQUIDACIÓN Y PAGO DE LA INCAPACIDAD

Para que el afiliado pueda acceder al reconocimiento, liquidación y pago de la incapacidad de origen común, debe presentar ciertos documentos que acrediten su situación y respalden la solicitud de la prestación económica. 
Los siguientes documentos son necesarios en todos los casos de incapacidad de origen común (artículo 2.2.3.4.1 del Decreto 780 de 2016):

1. Solicitud de pago: el aportante (empleador o trabajador independiente) debe presentar una solicitud formal de pago, que puede realizarse a través de los medios que la EPS o la entidad adaptada haya dispuesto para ello.

2. Certificación bancaria: este documento debe estar emitido por la entidad financiera, con una fecha de expedición no superior a treinta (30) días calendario. Debe incluir el nombre completo e identificación del titular de la cuenta, el tipo de cuenta, el número y el estado de la misma. En caso de no contar con una cuenta bancaria, el solicitante debe indicar el medio de pago que prefiera, de acuerdo con las opciones que la EPS o entidad adaptada haya establecido.

Adicionalmente, en los casos de incapacidades de origen común, se requiere:

• Certificado de incapacidad: este es el documento clave que debe ser expedido por un médico tratante de la red de la EPS o entidad adaptada, o bien validado por esta si el médico no pertenece a la red. El certificado debe contener toda la información médica necesaria, incluyendo el diagnóstico, el período de incapacidad, y los datos del prestador de servicios de salud que atendió al afiliado. 
  

El certificado de incapacidad debe presentarse dentro de los 15 días siguientes a la fecha de su expedición, junto con los documentos adicionales, como la historia clínica o la epicrisis, en caso de hospitalización (2.2.3.4.3 ibidem).

Una vez entregados todos los documentos requeridos, la EPS o entidad adaptada será responsable de validar el cumplimiento de las condiciones establecidas para el reconocimiento de la prestación económica. Esta validación incluye la verificación del estado de afiliación, los periodos de cotización y la correcta expedición del certificado de incapacidad (artículo 2.2.3.4.2 ibidem).

2.10. PAGO DE PRESTACIONES ECONÓMICAS

El pago de las prestaciones económicas derivadas de las incapacidades de origen común, licencias de maternidad y paternidad en sus diferentes modalidades, las licencias derivadas del proceso de gestación, y la licencia para el cuidado de la niñez, se realiza conforme a un procedimiento que la entidad promotora de salud –EPS– o la entidad adaptada debe seguir para garantizar el correcto desembolso de los recursos: 

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1. La EPS o entidad adaptada dispone de un plazo de quince (15) días hábiles para revisar y liquidar las solicitudes de pago que se presenten, contados a partir de la fecha en la que el aportante (empleador o trabajador independiente) entregue todos los documentos requeridos para el trámite.

2. Una vez realizada la liquidación, la EPS o entidad adaptada tiene un plazo adicional de cinco (5) días hábiles para efectuar el pago de las prestaciones económicas. Este pago debe hacerse de manera directa al aportante o al interesado, según corresponda, utilizando los medios acordados previamente, como transferencia electrónica.

3. En caso de que la EPS o entidad adaptada no cumpla con los plazos establecidos para el pago de las prestaciones económicas, deberá reconocer y pagar intereses moratorios al aportante, de acuerdo con lo establecido en el artículo 4 del Decreto Ley 1281 de 2002.

4. Una vez realizado el pago de la prestación, la EPS o entidad adaptada debe enviar una comunicación al usuario por el medio autorizado, informando el monto reconocido y pagado. Además, podrá verificar que el beneficiario haya recibido el monto correspondiente.

5. En caso de incumplimiento del pago de las prestaciones económicas, el aportante puede informar a la Superintendencia Nacional de Salud, la cual tiene la facultad de adelantar las acciones correspondientes, conforme a sus competencias.

2.11. RÉGIMEN DE PAGO DE INCAPACIDADES DE ORIGEN COMÚN

Artículo 67. Recursos que administrará la entidad administradora de los recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud. La Entidad administrará los siguientes recursos:
 (…)
Estos recursos se destinarán a:

a) El reconocimiento y pago a las Entidades Promotoras de Salud por el aseguramiento y demás prestaciones que se reconocen a los afiliados al Sistema General de Seguridad Social en Salud, incluido el pago de incapacidades por enfermedad de origen común que superen los quinientos cuarenta (540) días continuos. El Gobierno Nacional reglamentará, entre otras cosas, el procedimiento de revisión periódica de la incapacidad por parte de las EPS, el momento de calificación definitiva, y las situaciones de abuso del derecho que generen la suspensión del pago de esas incapacidades.

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Liquidador de auxilio de incapacidad (valores asumidos por el empleador, la EPS o la ARL)   Con este liquidador se puede conocer cuánto debe recibir un trabajador por concepto de auxilio de incapacidad y por remuneración salarial ante un evento de este tipo. Te presentamos un archivo de Excel ajustado y formulado para que sea útil en la realización de diferentes simulaciones.

2.12. REVISIÓN PERIÓDICA DE LA INCAPACIDAD

De acuerdo con la normativa vigente, las EPS o entidades adaptadas deben realizar una revisión periódica de la incapacidad de origen común para asegurar que los tiempos de rehabilitación y recuperación del paciente se ajusten a los previstos para su condición de salud (artículo 2.2.3.5.1 del Decreto 780 de 2016).

Las acciones que deben seguirse en la revisión periódica son:

1. Detección de casos con tiempos desviados: identificar a los pacientes cuyos tiempos de rehabilitación se desvíen de los previstos para una condición de salud específica, con el fin de detectar aquellos en riesgo de presentar una incapacidad prolongada.

2. Plan integral de tratamiento: para los pacientes en riesgo de incapacidad prolongada, se deberá implementar un plan integral de tratamiento, monitoreo y evaluación, valorando cada sesenta (60) días calendario el avance de la recuperación de la capacidad laboral. La revisión podrá realizarse antes si el médico u odontólogo tratante lo considera necesario, de acuerdo con la evolución del estado del paciente.

3. Consignación en la historia clínica: el médico tratante deberá consignar en la historia clínica el resultado de las acciones realizadas y comunicar dicha información al área de prestaciones económicas de la EPS o entidad adaptada, o la AFP responsable del reconocimiento y pago de la incapacidad.

2.13. REQUISITOS DEL CONCEPTO DE REHABILITACIÓN

El concepto de rehabilitación es el informe médico que se emite tras una evaluación integral del estado de salud de un paciente que ha estado en incapacidad prolongada. Este informe tiene como objetivo determinar si el afiliado puede ser reincorporado a sus actividades laborales o si requiere continuar con su proceso de rehabilitación. El concepto debe incluir un análisis detallado de la evolución del paciente, su diagnóstico, las secuelas anatómicas o funcionales, el pronóstico, y las posibilidades de recuperación a corto y mediano plazo. 

El concepto de rehabilitación debe ser expedido por las EPS o entidades adaptadas antes de cumplirse el día ciento veinte (120) de la incapacidad de origen común, conforme al artículo 41 de la Ley 100 de 1993, modificado por el artículo 142 del Decreto Ley 019 de 2012 (artículo 2.2.3.5.2 del Decreto 780 de 2016). 

Este concepto deberá contener, como mínimo, la siguiente información:

• Información general del paciente.
• Diagnósticos finales y sus fechas.
• Etiología demostrada o probables diagnósticos.
• Descripción de las secuelas anatómicas y/o funcionales y su pronóstico (bueno, regular o malo).
• Resumen de la historia clínica.
• Estado actual del paciente.
• Terapéutica posible.
• Posibilidad de recuperación.
• Pronóstico a corto y mediano plazo (menor de un año y mayor de un año).
• Tratamientos concluidos, estudios complementarios, procedimientos y rehabilitación realizada, indicando fechas de tratamiento y complicaciones presentadas.
• Nombre, tipo y número del documento de identidad y firma del médico u odontólogo que expide el concepto.

2.14. RECONOCIMIENTO Y PAGO DE INCAPACIDADES SUPERIORES A 540 DÍAS

El artículo 2.2.3.6.1 del Decreto 780 establece que las entidades promotoras de salud –EPS– o las entidades adaptadas deberán reconocer y pagar a los cotizantes las incapacidades de origen común que superen los 540 días, en los siguientes casos: 

1. Cuando el médico tratante emita un concepto favorable de rehabilitación, en el cual se indique que el afiliado debe continuar con tratamiento médico.

2. Cuando el paciente no haya mostrado mejoría durante el curso de la enfermedad o lesión que originó la incapacidad, a pesar de haberse seguido los protocolos, guías de atención y las recomendaciones del médico tratante.

3. Si durante el curso de la incapacidad, el paciente desarrolla enfermedades concomitantes que prolonguen su tiempo de recuperación.

En cualquiera de estos casos, la entidad promotora de salud o la entidad adaptada deberá reiniciar el pago de la prestación económica a partir del día quinientos cuarenta y uno (541).

Los trámites de reconocimiento de incapacidades de origen común son completamente gratuitos y deben realizarse directamente ante las entidades competentes, sin necesidad de tramitadores ni intermediarios. Las entidades responsables del reconocimiento y pago de estas incapacidades deben ofrecer mecanismos que permitan a los usuarios acceder y hacer seguimiento en línea al estado de sus solicitudes.

2.15. OBLIGACIONES GENERALES DEL EMPLEADOR DURANTE EL PERÍODO DE INCAPACIDAD DEL TRABAJADOR

Durante el período de incapacidad del trabajador, el empleador tiene varias obligaciones que debe cumplir para garantizar el adecuado manejo de la situación y el apoyo necesario al trabajador. Estas obligaciones buscan proteger los derechos del trabajador y velar por su bienestar en dichas circunstancias.

Es importante recordar que, durante el período de incapacidad, el trabajador no recibe salario, sino un auxilio por incapacidad. El empleador debe asumir el pago de los primeros dos días de incapacidad. Si esta última se extiende más allá del plazo señalado, el empleador debe gestionar el trámite de reconocimiento y pago de la incapacidad ante la EPS correspondiente.

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2.15.1. Aportes a seguridad social 

El sistema general de seguridad social integral comprende los subsistemas de pensión, salud y riesgos laborales. Durante la incapacidad del trabajador, los aportes al sistema de seguridad social tienen un tratamiento especial.

Según el artículo 40 del Decreto 1406 de 1999, en los períodos de incapacidad por enfermedad común o licencia de maternidad, se deben realizar los aportes correspondientes a los sistemas de salud y pensiones. Para calcular estos aportes, se toma como base el valor de la incapacidad o la licencia de maternidad, respetando las reglas del ingreso base de cotización –IBC– establecidas en el Decreto 1427 de 2022.

El empleador es responsable de cubrir los aportes de salud y pensión durante una incapacidad de origen común. No se realizan aportes a riesgos laborales, ya que el trabajador no está expuesto a riesgos durante la incapacidad. Por su parte, el trabajador también debe cubrir los porcentajes correspondientes a salud y pensión, los cuales serán deducidos por la EPS del subsidio de incapacidad.

2.15.2. Aportes parafiscales 

En relación con el pago de aportes parafiscales durante la incapacidad de un trabajador es importante tener en cuenta lo siguiente:

• La EPS o la ARL, dependiendo del origen de la incapacidad, otorga un auxilio económico al trabajador.
• Este auxilio no tiene la naturaleza de salario.
• Al no ser considerado salario, no es necesario realizar aportes parafiscales sobre los pagos por incapacidad.
• Esto se aplica tanto en incapacidades por enfermedad común como por enfermedad de origen laboral.

En resumen, durante la incapacidad no se realizan aportes parafiscales sobre el auxilio económico otorgado por la EPS o ARL.

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2.15.3. Prestaciones sociales

Las prestaciones sociales son los pagos adicionales, aparte del salario, que el trabajador recibe mensual o anualmente. Son obligatorias por parte del empleador y tienen como finalidad principal cubrir las necesidades o riesgos ordinarios del trabajador. Las prestaciones sociales incluyen la prima de servicios, las cesantías y los intereses sobre las cesantías.

Durante el período de incapacidad de un trabajador, las prestaciones sociales (prima, cesantías e intereses de cesantías) continúan causándose de forma normal. La incapacidad de un trabajador no suspende ni extingue el contrato laboral, por lo que las obligaciones relacionadas con las prestaciones sociales no se ven afectadas. Es responsabilidad del empleador reconocer y pagar dichas prestaciones en las fechas establecidas por la normativa laboral vigente.

Es fundamental tener en cuenta que las prestaciones sociales durante el período de incapacidad deben ser liquidadas con base en el último salario devengado por el trabajador antes de entrar en dicho período. Esto significa que se toma como referencia el salario que el trabajador estaba recibiendo antes de su incapacidad para calcular el monto de las prestaciones correspondientes.

Liquidador de prestaciones sociales en período de incapacidad   Con este liquidador de prestaciones sociales en período de incapacidad se puede conocer cuánto debe recibir un trabajador por conceptos de prima, cesantías, intereses a las cesantías y vacaciones cuando ha tenido este tipo de novedad.

2.15.4. Vacaciones

Las vacaciones son un derecho que tiene todo trabajador dependiente a disfrutar de un período de descanso remunerado de quince (15) días hábiles consecutivos, tras haber prestado sus servicios al empleador durante un año (artículo 186 del CST).

Durante el período de incapacidad, el contrato de trabajo no se suspende; por lo tanto, los días de incapacidad, ya sea por origen común o laboral, se cuentan para el reconocimiento del derecho a vacaciones. En otras palabras, el tiempo en que el trabajador esté incapacitado sigue acumulándose para completar el año de servicios que da lugar a las vacaciones.

El pago de las vacaciones no debe verse afectado por los períodos de incapacidad y debe calcularse conforme al artículo 186 del CST. Es importante destacar que, si se cumple el año de servicios durante la incapacidad, el empleador debe otorgar las vacaciones al finalizar la incapacidad, según las reglas del artículo 187 del CST, sin realizar descuentos por la incapacidad.

2.15.5. Auxilio de transporte y dotación

El auxilio de transporte está destinado a subsidiar parte de los gastos de desplazamiento del trabajador hacia su lugar de trabajo, por lo que solo se paga mientras el trabajador esté prestando sus servicios. Durante un período de incapacidad no se realiza el pago de este auxilio, ya que el trabajador no está en actividad laboral.

En cuanto a la dotación, esta debe entregarse tres (3) veces al año y está destinada a ser utilizada en el desempeño de las funciones laborales. Sin embargo, en casos de incapacidades prolongadas, como aquellas que superan los cuatro (4) meses, no se entrega la dotación, ya que el trabajador no está ejerciendo sus funciones durante ese período.

Caso práctico de liquidación de nómina cuando hay incapacidad   Existen diferentes variables por analizar al momento de realizar la liquidación de nómina cuando se da una incapacidad de origen común. Por ello, hemos diseñado un caso práctico que incluye fórmulas, normativa y comentarios, con el fin de que amplíes tus conocimientos al respecto.

2.16. TERMINACIÓN DEL CONTRATO DE TRABAJO DURANTE EL PERÍODO DE INCAPACIDAD

Por regla general, cuando un trabajador se encuentra incapacitado, goza de estabilidad laboral reforzada. Sin embargo, si la incapacidad es temporal y de corta duración, el trabajador no tiene esta estabilidad, ya que no toda deficiencia en la salud otorga dicha protección especial.

La Corte Constitucional, en la Sentencia T-094 de 2023, ha determinado que no es necesario una calificación de pérdida de capacidad laboral para acceder a esta garantía, pero se deben cumplir tres requisitos:

1. Que el trabajador tenga una condición de salud que afecte significativamente el desempeño de sus actividades. 
2. Que el empleador tenga conocimiento de dicha condición antes del despido. 
3. Que no exista justificación suficiente para la desvinculación, lo que indicaría un despido discriminatorio.

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Cuando la incapacidad se prolonga y genera una deficiencia física, mental, intelectual o sensorial, que crea barreras para el trabajador en el entorno laboral, y el empleador esté al tanto de dicha situación, el trabajador tendrá derecho a la estabilidad laboral reforzada por discapacidad, según el artículo 26 de la Ley 361 de 1997.

Es importante mencionar que el derecho a la estabilidad laboral reforzada no es absoluto. Si bien el trabajador tiene derecho a conservar su empleo, el empleador puede alegar una justa causa para la terminación del contrato. La jurisprudencia de la Corte Constitucional señala que el despido de un trabajador con estabilidad laboral reforzada puede proceder si el empleador obtiene autorización del Ministerio del Trabajo y presenta pruebas de que la condición de salud es incompatible con el desempeño del cargo (Sentencia T-277 de 2020).

Además, el artículo 2.2.1.1.5 del Decreto 1072 de 2015 establece que, de acuerdo con el numeral 15 del artículo 7 del Decreto 2351 de 1965, es justa causa para terminar unilateralmente el contrato por parte del empleador una enfermedad contagiosa o crónica no laboral, o cualquier otra enfermedad o lesión que incapacite al trabajador por más de 180 días. Sin embargo, el despido por esta causa solo puede realizarse después de dicho período. A pesar del despido, el empleador sigue obligado a pagar las prestaciones e indemnizaciones legales y convencionales derivadas de la enfermedad.

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2.16.1. Despido del trabajador durante incapacidad en contratos de trabajo a término fijo

De igual manera, cuando el trabajador goza de estabilidad laboral reforzada y está vinculado mediante un contrato de trabajo a término fijo, el empleador puede despedir al trabajador siempre y cuando obtenga la autorización del Ministerio del Trabajo y el despido se fundamente en una causa objetiva, no en una causa legal. 

Si el empleador decide unilateralmente dar por terminado el contrato de un trabajador con fuero de salud bajo un contrato a término fijo, no puede alegar como causa objetiva la expiración del plazo establecido. En su lugar, debe fundamentar la decisión en motivos creíbles y objetivos, como la desaparición de la necesidad de la empresa para la cual fue contratado el trabajador.

El empleador debe demostrar que las actividades para las que el trabajador fue contratado a término fijo se extinguieron o agotaron, y que la decisión de no renovar el contrato fue objetiva y sustentada. Dado que el empleador es la parte que alega la terminación del contrato por una causa objetiva, debe probar dicha objetividad, más allá del simple vencimiento del plazo (artículo 167 del CGP).

Asimismo, en caso de que el empleador haya entregado el preaviso al trabajador dentro del plazo legal para la renovación del contrato (30 días calendario), y si durante ese período de preaviso el trabajador sufre un accidente, ya sea de origen laboral o común, que resulte en una incapacidad que le otorga estabilidad laboral reforzada, el empleador deberá solicitar autorización al Ministerio del Trabajo para proceder con el despido.

Es importante destacar que el propósito de esta solicitud de autorización es que la autoridad laboral verifique si la terminación del contrato está fundamentada en una causa objetiva y no en un acto de discriminación por el estado de salud del trabajador. De esta forma, se garantiza la protección de los derechos del trabajador en situación de incapacidad y se asegura que la terminación del contrato sea justificada y no discriminatoria.

2.16.2. Consecuencias de despedir al trabajador que se encuentra en período de incapacidad 

Si el empleador decide finalizar el contrato de un trabajador en período de incapacidad, sin la autorización del Ministerio del Trabajo, y este goza de estabilidad laboral reforzada, se presumirá que el despido es discriminatorio. Las posibles consecuencias incluyen: 

• Reintegro del trabajador en un cargo de igual o superior jerarquía, ordenado por un juez laboral competente. 
• Pago de salarios y prestaciones sociales dejados de percibir desde la terminación del contrato hasta el reintegro. 
• Indemnización equivalente a 180 días de salario, conforme al artículo 26 de la Ley 361 de 1997.

2.17. CASOS PRÁCTICOS Y PARTICULARES SOBRE LA INCAPACIDAD DE ORIGEN COMÚN

A continuación, se presentan diversas situaciones y casos prácticos derivados de una incapacidad de origen común. 

2.17.1. Liquidación de incapacidad con salario fijo y con salario variable

Primero, procedemos a liquidar una incapacidad de origen común con salario fijo, de acuerdo con las reglas del Decreto 1427 de 2022. 

Supongamos que un trabajador, con un salario de dos (2) smmlv, se incapacita por dos (2) meses después de haber trabajado seis (6) meses. Para determinar el ingreso base de cotización –IBC–, se toma el salario reportado en el mes anterior al inicio de la incapacidad.

Salario mensual: 2 smmlv
Salario mínimo en 2024: $1.300.000 
Ingreso base de cotización: 2 x $1.300.000 = $2.600.000

Por lo tanto, el IBC para el reconocimiento y pago de la incapacidad de origen común y sus prórrogas será de $2.600.000 pesos.
Ahora, para liquidar la incapacidad es necesario recordar las siguientes reglas: 

• Si la incapacidad dura entre 1 y 2 días, el empleador es el responsable del pago de la incapacidad en un 66,67 % del IBC.
  
• Si la incapacidad dura entre 3 y 90 días, la EPS es responsable del pago en un 66,67 % del ingreso base de cotización. 
  

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Dado que la incapacidad es de dos (2) meses (60 días), los cálculos son los siguientes:

 Por tanto, el valor total del auxilio de incapacidad de origen común será de $3.462.542. 

Ahora, consideremos un caso de un trabajador con salario variable. Este trabajador devengó los siguientes salarios en los últimos seis (6) meses: $1.500.000 en el primer mes, $1.600.000 en el segundo, $1.300.000 en el tercero, $1.400.000 en el cuarto, $1.500.000 en el quinto, y $1.600.000 en el sexto mes. Se incapacita el primer día del mes 7 por 30 días.

Para calcular el IBC, se toma el promedio salarial de los seis (6) meses trabajados:

Promedio salarial = ($1.500.000 + $1.600.000 + $1.300.000 + $1.400.000 + $1.500.000 + $1.600.000) / 6 = $1.483.333

Por lo tanto, el ingreso base de cotización para este trabajador, de acuerdo con la regla mencionada, sería de $1.483.333

Ahora, para la liquidación de la incapacidad aplicamos las reglas establecidas:

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Liquidador de auxilio de incapacidad aplicado a salario variable, fijo o integral   Conoce en este formato las particularidades que se deben tener en cuenta para liquidar las incapacidades de empleados que devengan un salario variable, fijo o integral a través del desarrollo de tres (3) casos sobre el tema.

2.17.2. Liquidación de incapacidad a pensionado con ingresos adicionales 

Por regla general, los pensionados no tienen derecho al pago de incapacidades de origen común, ya que su mesada pensional no varía, aunque se encuentren incapacitados. Sin embargo, si un pensionado trabaja como dependiente o independiente y realiza aportes al sistema de seguridad social en salud, tendrá derecho al reconocimiento y pago de incapacidades. En estos casos, solo se considera el ingreso adicional para calcular el monto de la incapacidad.

Para que un pensionado con ingresos adicionales tenga derecho a la incapacidad, debe cumplir con los requisitos del artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016.

Por ejemplo, si un pensionado recibe una mesada de $1.300.000 mensuales y tiene ingresos adicionales como trabajador independiente por $3.000.000 mensuales, la incapacidad se pagará únicamente sobre los $3.000.000, ya que es el ingreso adicional que deja de percibir debido a la incapacidad.

Ingreso mensual: $3.000.000
Incapacidad mensual: $3.000.000 x 66.67% = $2.000.100
Incapacidad diaria: $2.000.100 / 30 días = $66.670
Valor total del auxilio de incapacidad por 30 días: $2.000.100

El valor total que recibirá por incapacidad es de $2.000.100, ya que no se incluye la mesada pensional en este cálculo.

2.17.3. Reconocimiento de incapacidad de origen común durante el período de prueba

El período de prueba está regulado en el artículo 77 y siguientes del CST. Esta fase inicial del contrato laboral permite que tanto el empleador como el trabajador evalúen las condiciones laborales y las aptitudes del empleado. Durante este período, ambas partes pueden terminar el contrato sin necesidad de invocar una justa causa establecida por la ley laboral.

Es importante destacar que, durante el período de prueba, se deben respetar todas las prestaciones y garantías laborales a las que tiene derecho el trabajador. Para que un trabajador en período de prueba pueda recibir el pago de incapacidades de origen común, debe haber realizado aportes al sistema de salud por un mínimo de cuatro (4) semanas y contar con el certificado de incapacidad.

2.17.4. Pago de incapacidades de origen común para trabajador independiente

Los trabajadores independientes en el sistema general de seguridad social en Colombia tienen derecho al pago de incapacidades de origen común o laborales.

En el caso de los trabajadores independientes, el pago de la incapacidad de origen común debe ser asumido por la EPS o el fondo de pensiones, dependiendo de la duración de la incapacidad. La liquidación se realiza sobre un porcentaje del ingreso base de cotización –IBC– sobre el cual se hicieron los aportes, determinado según el número de días de incapacidad prescritos por el médico.

A continuación, se muestra un cuadro con los porcentajes sobre los que se liquidan las incapacidades de origen común de un trabajador independiente y el responsable de su pago:

*En ningún caso, el valor de la incapacidad puede estar por debajo de 1 smmlv.

Liquidador del auxilio de incapacidad de origen común para trabajador independiente   El trabajador independiente tiene derecho al pago de su incapacidad de origen común, el cual debe ser asumido por la EPS o el fondo de pensiones, según el tiempo que se prolongue.

2.18. INCAPACIDAD EXPEDIDA POR MÉDICO PARTICULAR

El certificado de incapacidad por accidente o enfermedad de origen común debe ser expedido por el médico u odontólogo tratante, siempre y cuando esté inscrito en el ReTHUS o sea un profesional que se encuentre prestando su servicio social obligatorio, ambos adscritos a un prestador de servicios de salud habilitado.

 Cuando la incapacidad es expedida por un médico u odontólogo que no está adscrito a la red de prestadores de servicios de la EPS o entidad adaptada, esta incapacidad deberá ser validada por la EPS o entidad a la cual esté afiliado el cotizante. Para que esta validación proceda, la incapacidad debe ser emitida por un médico debidamente inscrito en el ReTHUS, y la presentación para validación debe realizarse dentro de los quince (15) días siguientes a la fecha de expedición del certificado. Además, se debe adjuntar:

• Epicrisis (en caso de internación).
• Resumen de la atención (cuando se trata de consulta externa o atención ambulatoria).

Si la EPS o entidad adaptada tiene dudas respecto de la incapacidad expedida por un médico no adscrito a su red, podrá someter al afiliado a una evaluación médica realizada por un profesional de la misma especialidad. Este profesional tendrá la facultad de aceptar o desvirtuar la incapacidad inicial, sin perjuicio de la atención en salud que requiera el afiliado.

Si transcurren ocho (8) días hábiles desde la presentación del certificado y la EPS o entidad adaptada no ha realizado la evaluación médica o no ha validado la incapacidad, estará obligada a reconocer y liquidar la incapacidad dentro de los quince (15) días hábiles siguientes a la presentación del certificado. El pago deberá realizarse dentro de los cinco (5) días hábiles posteriores, siempre y cuando el afiliado cumpla con las condiciones establecidas en el Artículo 2.2.3.3.1 del Decreto 780 de 2016 (artículo 2.2.3.3.3 ibidem).

2.19. INCAPACIDADES LABORALES EXIGIBLES MEDIANTE ACCIÓN DE TUTELA

2.19.1. Legitimación en la causa por activa

El artículo 86 de la Constitución Política establece que la acción de tutela es un mecanismo judicial subsidiario que puede ser utilizado por cualquier persona cuando sus derechos fundamentales sean vulnerados o estén en peligro debido a la actuación u omisión de autoridades públicas o particulares, siempre que se ajuste a lo señalado por la ley.
Supongamos el caso de una trabajadora empleada en una fábrica de textiles que sufrió un accidente laboral en el que resultó gravemente lesionada en la mano derecha mientras trabajaba en una de las máquinas de coser. La trabajadora solicitó a su empleador que reconociera la incapacidad de origen laboral y que la ARL cubriera los gastos médicos y los auxilios económicos correspondientes. 
Sin embargo, la ARL se negó a reconocer la incapacidad laboral, argumentando que el accidente no ocurrió directamente en el lugar de trabajo y, por lo tanto, no era de su responsabilidad cubrir los costos. La trabajadora presentó la acción de tutela contra su empleador y contra la ARL con el fin de que se le protegieran sus derechos fundamentales. 
En la medida en que la trabajadora presentó la acción de tutela en nombre propio como afectada en sus derechos fundamentales, se cumple el requisito de legitimación en la causa por activa. 

Legitimación en la causa por pasiva 

De acuerdo con los artículos 5, 13 y 42 del Decreto 2591 de 1991, para que proceda la legitimación en la causa por pasiva en la acción de tutela, esta se debe promover contra todas las autoridades públicas y los particulares que estén encargados de la prestación de un servicio público, o respecto de quienes el accionante se encuentre en situación de subordinación e indefensión. 

Retomando el ejemplo anterior, debido a que la acción de tutela se dirige en contra de la ARL, entidad que administra recursos provenientes del sistema de seguridad social, se encuentra legitimada por pasiva dentro de dicha acción. De igual manera, la tutela también procede contra particulares, en este caso, el empleador, en la medida en que la trabajadora se encuentra en una situación de subordinación propia de la relación laboral. 

2.19.3. Subsidiariedad

Al tenor del artículo 86 de la Constitución y el artículo 6 del Decreto 2591 de 1991 y la jurisprudencia constitucional, la acción de tutela tiene un carácter residual y subsidiario. Por tanto, solo se puede acudir a la acción de tutela: 

• Cuando el presunto afectado no disponga de otro medio judicial.  
• Cuando existiendo otro medio judicial, este carezca de idoneidad o eficacia para proteger de forma adecuada, oportuna e integral los derechos fundamentales invocados en la acción de tutela, a la luz de las circunstancias del caso concreto.
• Cuando se interponga para evitar la consumación de un perjuicio irremediable procederá como mecanismo transitorio. Si procede como mecanismo transitorio el accionante deberá ejercer la acción preferente en un término de cuatro (4) meses a partir del fallo de tutela y la protección se extenderá hasta tanto se produzca una decisión definitiva por parte del juez ordinario (Sentencia T-291 de 2020). 

Es importante destacar que el pago de una incapacidad, sea de origen común o laboral, se encuentra fuertemente relacionado con los siguientes derechos fundamentales: 

• Derecho a la salud: El beneficio de contar con una suma de dinero periódica, aunque no haya prestación de servicio, permite al afiliado mantener su tratamiento médico y reposo necesario para una pronta y satisfactoria recuperación de su estado de salud.
• Derecho al mínimo vital: según las circunstancias de cada caso concreto, constituye la única fuente de ingresos económicos que permiten satisfacer las necesidades básicas personales y familiares del accionante. 

2.19.4. Inmediatez

La acción de tutela tiene como objetivo asegurar una protección efectiva, actual y rápida ante la violación o amenaza inminente de un derecho fundamental. Por ello, se requiere que entre la ocurrencia de los hechos y la presentación de la demanda haya un lapso razonable para garantizar la seguridad jurídica y proteger los derechos fundamentales de terceros.

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