Se pueden generar algunas situaciones en que la ejecución del proceso de auditoría se vea impedida por los errores generados por acciones fraudulentas, hasta el punto que imposibilitan el accionar del auditor.
El auditor que en el proceso de auditoría detecte o evidencie deficiencias significativas en el sistema de control interno, se encuentra en la obligación de comunicarlo en el informe; el criterio profesional es la clave para determinar la significatividad de las deficiencias.
Las deficiencias significativas en el control interno son identificadas en el proceso de auditoría; en la mayoría de ocasiones se encuentran relacionadas con las incorrecciones detectadas, y deben quedar contenidas en el archivo final de auditoría a fin de que se pueden realizar los ajustes a que haya lugar.